Doktor Mustafa Gençay İlkokulu, Hatay’da eğitim-öğretim hizmetlerine 1961 yılında, dönemin Valisi Sayın Muammer Ürgen Paşa’nın öncülüğünde başlamıştır. Vali Ürgen, Cumhuriyet Mahallesi sakinlerinin başvurusu üzerine 3362 metrekarelik bir alanı okul yeri olarak tahsis etmiş ve üzerine atermit çatılı, tek katlı, beş derslikli bir okul binası yaptırmıştır. Okul, 11 Encümen Kararı ile "Vali Ürgen İlkokulu" adıyla Milli Eğitim Müdürlüğü bünyesinde hizmete açılmıştır. 1963 yılında, Okul Koruma Derneği’nin katkılarıyla bir kantin binası eklenmiştir.
1976 yılında okul binasında büyük çaplı çöküntüler meydana gelmiş ve yapılan tamiratlar yeterli olmamıştır. 1981-1983 yılları arasında, Hatay Valisi Sayın Sami Oytun ve Milli Eğitim Müdürü Sayın Mahmut Özdil’in çabalarıyla iki aşamada 12 derslik, idare odaları ve çok amaçlı bir salondan oluşan yeni bir okul binası inşa edilmiştir. Bu sayede, okul şehrin en güzel eğitim kurumlarından biri haline gelmiştir.
1997 yılında 8 yıllık zorunlu eğitime geçilmesiyle birlikte okulun adı "Vali Ürgen İlköğretim Okulu" olarak değiştirilmiştir. 2000-2001 eğitim-öğretim yılında okul bahçesine, Bakanlık tarafından 4 derslik ve 2 odadan oluşan bir ek bina yapılmıştır.
30 Mart 2012 tarih ve 6287 sayılı yasa ile yürürlüğe giren 12 yıllık zorunlu eğitim sistemi (4+4+4) kapsamında, okulun adı yeniden "Vali Ürgen İlkokulu" olarak düzenlenmiştir.
Okulumuz, kuruluşundan bu yana çağdaş eğitim-öğretimin gereklerini yerine getirmek, eğitim araç ve gereçlerini sağlamak, standartları en üst düzeyde uygulamak ve öğrencilerimize en iyi eğitimi sunmak için kararlılıkla çalışmaktadır.
Kurulduğu günden bu yana toplamda 4216 mezun veren okulumuz, mezunlarının 3182’sine ilkokul diploması, 1034’üne ise ilköğretim diploması kazandırmıştır.
Bugün Doktor Mustafa Gençay İlkokulu, geçici olarak Katar 4 Konteyner Kent içerisinde, 16 öğretmen ve 196 öğrenci ile eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmekte ve öğrencilerimizi geleceğe en iyi şekilde hazırlama kararlılığını sürdürmektedir.